Le site Internet du MEN a fait l'objet d'importantes modifications de structure en avril 2006. La barre de navigation horizontale a notamment été remaniée. Proposant anciennement:
Info musée - Expositions - Collections - DocuMen - Activités - Actualités,
elle présente actuellement:
Info musée - Actualités - Expositions - Collections - Publications - DocuMen.

La nouvelle répartition permet de retrouver une catégorie consacrée aux «Publications», les autres rubriques de la catégorie «Activités» supprimée au passage étant réparties ailleurs (par exemple «Les Amis du Musée» et «L'Atelier des musées» dans la catégorie «Info musée»).

La catégorie «Actualités» est avancée et distingue aujourd'hui clairement les activités à venir (rubrique «Agenda»), les nouvelles du Musée («Niouzes») et les activités passées («Anciennes activités»).

Par ailleurs, la barre de navigation verticale de la première page permet d'aller directement vers certaines rubriques d'intérêt général pas forcément évidentes à trouver sur le site.

Mise en service le 22 août 1998, la première version du site Internet du MEN avait été conçue par l'équipe du Musée, développée avec la collaboration de l'ESNIG (Ecole supérieure neuchâteloise d'informatique de gestion) et hébergée par le CEG (Centre électronique de gestion).

Conception, réalisation et évolution (dès août 1998): Marc-Olivier Gonseth (MEN)
Développement informatique (jusqu'à août 1998): David-Alexandre Benetazzo (ESNIG)
Documentation: François Borel, Marc-Olivier Gonseth et Roland Kaehr (MEN)
Dessin: Nicolas Sjöstedt (MEN)
Photographie: Alain Germond (MEN)

En 2003, l'équipe du MEN a décidé de modifier son site Internet tant sur le plan formel que sur celui de la technologie et du mode de navigation. Les contenus de l'ancien site ont donc été réinsérés dans une nouvelle matrice permettant d'autres regroupements et recoupements (assemblage des pages en temps réel par la plate-forme direct2web, permettant une intervention via Internet).

Cette deuxième version a été conçue par l'équipe du MEN et développée par le CEG sur la base d'une technologie développée par Arcantel.

Conception: Marc-Olivier Gonseth, Yann Laville et Coline Niess (MEN)
Développement informatique: Chistophe Pittier, Jean-Luc Favre, John Kummli, Fabrice Drapel (CEG)
Ligne graphique: Nicolas Sjöstedt (MEN)
Photographie: Alain Germond (MEN)
Mise en service le 27 novembre 2003
Optimalisée pour le format 1024X768, compatible 1280X1024 et 800X600.