Egypte ancienne
Les premières antiquités égyptiennes furent offertes à la ville de Neuchâtel dès 1800 par différents donateurs (Charles Daniel de Meuron, James Alexandre de Pourtalès ou encore Guillaume de Perregaux) et forment ainsi le noyau initial de la future collection du MEN.

Le Musée doit toutefois plus de la moitié sa collection à l’égyptologue neuchâtelois Gustave Jéquier (1868-1946) qui acquit, par le biais du Service des Antiquités de l’Egypte, des objets soigneusement choisis afin d’illustrer au mieux sa discipline. Après avoir installé la collection, dès 1926, dans le vestibule d’entrée de la villa de Pury, Gustave Jéquier ne cessa de l’alimenter à chacun de ses retours d’Egypte.

La collection d’antiquités égyptiennes du MEN s’inscrit donc parmi les plus importantes de Suisse et forme un ensemble cohérent qui compte actuellement 575 objets couvrant les grandes périodes historiques de l’Egypte ancienne.

Himalaya
L'ancienne Salle Afrique accueille depuis le 2 décembre 1999 une exposition sur les représentations de l'Himalaya dans l'imaginaire occidental. Suscitée par la donation de vingt-cinq statues tibétaines et par la volonté de présenter la collection du Bhoutan dans une nouvelle scénographie, l'exposition prolonge la réflexion poursuivie par l'équipe du MEN à travers ses récentes expositions temporaires.