En décembre 1973, le jeune ethnomusicologue repart au Dahomey approfondir certaines questions ouvertes lors du précédent voyage dans le domaine de la musique du culte des vodoun.

L'année suivante, il succède à Denise Perret dans l'élaboration du projet de "catalogue raisonné des instruments de musique" et poursuit les tâches d’organologie et de gestion de la collection du MEN.

Dès 1975-6, il se consacre au dépouillement et à l'archivage des enregistrements audio réunis par les chercheurs du MEN et seconde son professeur dans les cours d’ethnomusicologie. Puis en 1977, il participe étroitement à la conception de l'exposition Musique et sociétés aux côtés d’Ernst Lichtenhahn.

Il retourne au Niger en 1978, dans la région d'In Gall pour approfondir l'étude du tambour sur mortier touareg.

En 1979, l'Université de Neuchâtel crée officiellement un demi-poste d'assistant en ethnomusicologie, reconnaissant ainsi, tardivement, le travail fourni depuis 5 ans sous couvert de budgets liés à la recherche.

Durant trois ans (1980 à 1983), François Borel est la cheville ouvrière d'un projet financé par le FNS, dont le but consiste à établir un répertoire des musiques des Touaregs kel Denneg et kel Faday du Niger. Les résultats aboutissent à de nombreux articles et publications (entre autre pour les deux CDs Niger: Musique des Touaregs).

C'est en 1982 que François Borel reprend, en tant que chargé de cours, l’enseignement de l'ethnomusicologie laissé vacant suite au départ d'Ernst Lichtenhahn pour Zürich. Il occupera ce poste jusqu'en 2008, complété dès 1990 par une activité de conservateur adjoint à 25% au MEN, créé spécifiquement autour des collections d'ethnomusicologie (1er juillet 1990 au 3 janvier 2007). En parallèle, il poursuit et développe épisodiquement ses recherches dans la zone sahélienne (Touaregs et Haoussa du Niger).

Entre 1988 et 1992, il participe à la mise sur pied du CFPM (Centre de formation et de promotion musicale) de Niamey.

Il travaille également sur la partie audio-visuelle des expositions du MEN jusqu'à la fin des années 1990 (Etre nomade aujourd'hui, Le corps enjeu, Objets prétextes-objets manipulés, Le mal et la douleur, Le trou, Les Femmes).

En 1996, il est mobilisé de manière centrale dans l'exposition Pom pom pom pom. Puis, avec Alberto Costa, sur le projet itinérant Tuareg : nómadas del desierto, présenté en Espagne de 2001 à 2004 par La Fundació La Caixa (en 2004 présentation à Neuchâtel).

Tout au long de sa carrière, il préserve et met en valeur les archives sonores du MEN. Il  travaille activement sur la base de données informatique du MEN.

Pour ce qui est des courants de l'ethnomusicologie François Borel dit se rattacher au courant de "l'ethnologie du musical" qui prône l'étude du rôle social (usage et fonction) et des processus de production de la musique comme précédant l'analyse de la substance musicale elle-même.