L’origine des fonds de cette partie du monde est ancienne et suit les canons de l’orientalisme qui s’épanouit au tournant du XXe siècle. Même si des pièces contemporaines les complètent, Neuchâtel n’a jamais vraiment développé une politique d’acquisition dans ce domaine. Pourtant ce continent immense et difficile à découper n’a jamais cessé d’exercer une étrange fascination.

Dans leur ensemble, les collections représentent près de 7'000 objets qui peuvent être répartis selon six zones: Proche-Orient, Asie méridionale, Asie du Sud-Est, Extrême-Orient, Asie centrale (cette dernière comprenant une importante collection du Bhoutan). Les pièces d’Asie septentrionale, en revanche, sont très peu nombreuses.

La collection iconographique rassemblée par Aimé Humbert, ministre plénipotentiaire qui a conclu avec le Japon un traité de Commerce et d'Amitié le 6 février 1864, vient compléter le corpus d'objets asiatiques. Formé de quelques 2'500 images et 141 photographies, cet important fonds a servi à rédiger et à illustrer les récits du diplomate publiés chez Hachette dans les deux tomes du Japon illustré (1870).

Jusqu’aux années cinquante, l’Asie centrale était absente des collections, mais les missions du Musée en Afghanistan conduites par Jean Gabus et poursuivies par ses assistants et collaborateurs ont permis de constituer un fonds représentatif.

Ce fonds a été complété en 1986 par la collection Agathe Salina recueillie de 1956 à 1958 et considérablement augmenté l’année suivante par l’acquisition d’un demi millier d’objets comportant de la boissellerie de grande dimension (une cinquantaine de pièces), le reste étant constitué des textiles les plus variés.

Mais ce qui fait de Neuchâtel un centre unique pour les cultures himalayennes est assurément sa collection du Bhoutan. 

Le MEN a hérité en 1999 de vingt-cinq statues tibétaines provenant de la collection de Mme Hermann-Husy qui ont été exposées avec la collection du Bhoutan dans l'espace consacré à l'Himalaya jusqu'en 2013.

Le Musée doit le noyau de sa collection du Bhoutan à S.M. le roi Jigme Dorji Wangchuck. Cette collection a fait l'objet d'une longue exposition permanente dans les locaux du MEN, inaugurée en novembre 1974 et réaménagée en décembre 1988.

Présentée dans ce lieu jusqu'en février 1998, elle a ensuite tenu la vedette dans le cadre d'une importante exposition temporaire: Entre Inde et Tibet, le Royaume du Bhoutan , présentée à l'Abbaye de Daoulas, en Bretagne, du 8 mai au 11 octobre 1998.

L'intérêt de cette collection est double: d'une part, elle est la plus importante (quelque 240 pièces en février 1998) déposée dans un musée étranger – à l'exception, peut-être, de la récente collection du Musée national d'anthropologie d'Osaka; d'autre part, elle provient d'un pays longtemps resté terra incognita, dont l'ouverture au monde date des années soixante.

L’Asie du Sud-Est est représentée par plus d’un millier de pièces, la plupart du temps de très bonne qualité. Elles englobent du matériel Dayak et Battak ancien (collections Gustav Schneider), des masques et des têtes de marionnettes de Java (collection Octave Roulet). Cette partie de l’Asie a bénéficié des largesses de Gabrielle Gediking-Ferrand (surtout dans le domaine des textiles) et les marionnettes des divers genres ont été complétées par de nombreuses acquisitions.

Le fonds comporte également de belles pièces historiques de Thaïlande, complétées à l’occasion de l’exposition Thaïlande: Art et Religion en 1974, et aussi du matériel des minorités du Nord.

S’ajoutent enfin à cette liste une centaine de pièces des Philippines (collection A. Jaillet, 1909).

L’Asie méridionale, riche d’environ 500 pièces, comporte des objets du Cabinet d’histoire naturelle de Charles Daniel de Meuron (Inde et Ceylan), mais aussi une très riche collection donnée en 1842 par le missionnaire Alphonse François Lacroix et qui a ainsi pu être présentée au roi de Prusse, Frédéric-Guillaume IV, lors de sa visite à ses sujets neuchâtelois. L’aspect ethnographique est illustré par le matériel qu’avait recueilli avant la deuxième guerre le RP. Wilhelm Koppers chez les Bhils, Korkus, Gonds et Baigas.

Peu représenté, le Proche-Orient comporte au total quelque 350 objets de Turquie, de Perse et de Palestine (pour reprendre une terminologie ancienne), fournis principalement par Paul-H. Traub, par un Loclois directeur des chemins de fer anatoliens connu sous le nom de Huguenin-Pacha et par un certain Joseph Schneider à Jaffa. Plus récemment ont été retrouvées une septantaine de pièces (armes surtout) achetées aux héritiers de Gustave Jéquier.

L’Extrême-Orient, dont les collections rassemblent principalement des pièces de Chine et du Japon, est représenté par une large panoplie d’objets précieux ou appartenant au quotidien. Certains de ces items sont très anciens, puisqu’il est permis de les rattacher au cabinet de Charles Daniel de Meuron; ayant constitué l'ensemble qui est à l’origine des musées de la ville de Neuchâtel. Une large part des numéros de cet inventaire reflète le goût au XIXe siècle pour les chinoiseries et pour le japonisme. Ces collections sont également le miroir des relations de commerce développées par des entrepreneurs de la région avec la Chine et avec l’Empire du Soleil levant. Des collections contemporaines viennent compléter ces pièces historiques.

A la recherche de nouveaux marchés, certains entrepreneurs du canton de Neuchâtel, des horlogers surtout,  lièrent des relations commerciales avec des pays d’Extrême orient. Parmi les plus connus citons les Vaucher, les Bovets dits de Chine, qui collaborèrent avec l’Empire du Milieu, à l’instar du missionnaire Charles Piton. Frédéric Boss, neuchâtelois également, fournit au Musée des pièces issues de ses trente années passées à Shanghai.

C’est à travers la personne d’Aimé Humbert surtout, président de l’union horlogère d’abord puis ministre plénipotentiaire envoyé au Japon, que la branche tissa un lien étroit avec le pays. Le diplomate signa, le 6 février 1864, un traité de Commerce et d'Amitié avec les autorités japonaises. De cette mission, le Chaux-de-fonnier, rapporta une collection iconographique formée de quelques 2'500 images et 141 photographies. Cet important fonds, donné au Musée par son fils Paul Humbert, servit à rédiger et à illustrer les récits du diplomate publiés chez Hachette dans la revue Le tour du Monde (1866-1869). Le même éditeur parisien réunit ces écrits, revus et corrigés, en deux tomes qui constituent l'ouvrage: Le Japon illustré (1870).

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