Dans l'état actuel de leur inventaire et de leur conservation, les archives photographiques du Musée ne sont pas accessibles au public.
Photographies anciennes
Au XIXe siècle, quelques photographies ont pu accompagner des objets et, à en juger par leur degré d'effacement, les suivre dans les vitrines. Tout au début du suivant, alors que le Musée s'apprête à occuper son propre bâtiment et à disposer de son propre budget, est prise une initiative unique: l'achat au Père Henri L. Trilles de 12 agrandissements concernant le Congo français d'alors. La démarche reste sans lendemain et le conservateur Charles Knapp ne recueille qu'une poignée de clichés.
De par sa formation artistique, mais aussi par suite des développements technologiques qui facilitent la photo, Théodore Delachaux, son successeur, est plus ouvert à l'image. Il accepte de la sorte l'énorme dossier iconographique du professeur Arthur Dubied qui comprend jusqu'à des coupures de journaux (mais aussi des portraits de Barrak). Mais les enrichissements demeurent occasionnels. Delachaux y contribuera pourtant massivement lui-même par le bon millier de prises de vues 6 x 6 qu'il rapportera de la IIe Mission scientifique suisse en Angola (MSSA 1932-33).
Cet ensemble ne sera complété de sa contrepartie 24 x 36 due à Charles Emile Thiébaud qu'en 1992. Des deux séries existe un choix de tirages de qualité. Avant la guerre, quelques photos anciennes de Gustave Schneider seront également précieusement engrangées.
Avec Jean Gabus, la photo conquiert définitivement sa place mais l'archivage ne suit pas. Les documents rares des Inuits (1938-39) restés sa propriété jusqu'à son décès sont malheureusement souvent sans légendes et se trouvent mélangés avec ceux des Lapons. Ceux de la «mission Goundam» de 1942 ont pu être situés mais ceux des 12 autres missions africaines du Musée, qui ont suivi, présentent aussi de semblables difficultés d'exploitation.
Le don en 1950 du matériel préparatoire pour Le Japon illustré d'Aimé Humbert qui avait été préservé en grande partie a fait rentrer en même temps une bonne centaine de photos des années 1860 dont des panoramas et des œuvres notamment du célèbre Felice A. Beato. Par la suite, quelques albums anciens viennent documenter des fonds d'objets, surtout africains, mais leur traitement n'est pas systématique.
Dans les années quatre-vingt, un lot datant de soixante ans accompagne le don de Mme Gabrielle Gediking-Ferrand, recoupant parfois le fonds Gustav Schneider fils.
